Năm 398, Vương Cung liên kết cùng Dữu Giai, Kinh châu thứ sử Ân Trọng Kham, Quảng châu thứ sử Hoàn Huyền và tướng Nam quận Dương Thuyên Kì, mượn danh nghĩa thảo phạt anh em Tư Mã Thượng Chi, tiến binh Kiến Khang[7]. Tháng 9 năm đó Tư Mã Đạo Tử sai cho con là Tư Mã Nguyên Hiển làm Chinh thảo đô đốc, cùng Tạ Diễm đưa quân chống trả. Tư Mã Thượng Chi được tham gia trong trận chiến và được cử đi giao tranh với Dữu Giai.

Tư Mã Thượng Chi ra quân, tiến đến Đương Lợi và giao tranh với con trai Dữu Giai là Dữu Hồng. Hồng thua trận bỏ chạy, Tư Mã Thượng Chi giết được tướng của Dữu Giai là Đoàn Phương, buộc Giai bỏ trốn theo Hoàn Huyền. Sau trận đánh này, Tư Mã Thượng Chi được phong lên chức Kiến Uy tướng quân, Thứ sử Dự châu thay thế cho Dữu Giai. Nhưng cũng lúc đó, Hoàn Huyền và Dương Thuyền Kì suất quân tiến đến Bạch Thạch, đánh bại quân của Tấn triều. Tư Mã Thượng Chi nghe tin bèn rút quân.

Về sau Vương Cung bị thủ hạ Lưu Lao Chi phản bội và bị bắt giết, Hoàn Huyền, Ân Trọng Kham và Dương Thuyên Kì đành phải lui quân, Kiến Khang được giải nguy. Tư Mã Thượng Chi lại được thăng lên làm Tiền tướng quân, các em ông là Tư Mã Doãn Chi làm Ngô quốc nội sử, Khôi Chi là Phiêu kị tư mã, Đơn Dương doãn, Hưu Chi làm thái thú Tương Thành, nắm các chức vụ quan trọng và nhiều quân mã, thế lực khuynh cả triều chính[8]. Về sau con trai của Tư Mã Đạo Tử là Tư Mã Nguyên Hiển lên thay, nằm quyền triều chính, vẫn tiếp tục cất nhắc anh em của Tư Mã Thượng Chi.